هیأت امنا به عنوان یکی از ارکان مهم مدیریتی مؤسسه، مسئولیت‌های کلیدی و گسترده‌ای را بر عهده دارد. این هیأت متشکل از اعضایی همچون رئیس هیأت امنا، نماینده وزیر علوم، تحقیقات و فناوری، رئیس مؤسسه، سه نفر از اعضای هیأت علمی مؤسسه و دو نفر از شخصیت‌های علمی و فرهنگی کشور است. وظایف هیأت امنا شامل تصویب آیین‌نامه‌های داخلی، بررسی و تصویب بودجه مؤسسه، پیشنهاد طرح‌های توسعه، تعیین حسابدار و حسابرسی، تأیید حساب‌های سالیانه، جلب کمک‌های مالی، تصویب مقررات استخدامی و تعیین شهریه دانشجویان می‌باشد. این هیأت با هماهنگی و تصمیم‌گیری‌های خود نقش اساسی در پیشبرد اهداف و توسعه مؤسسه ایفا می‌کند.